Laskennalliset menetelmät uudistavat patologiaa
14.4.2021/Text: Kimmo Kartasalo

Alaa tuntemattomalle patologia ei välttämättä tule aivan ensimmäisenä mieleen laskennallisten menetelmien ja tekoälyn kuumana sovelluskohteena. Kieltämättä allekirjoittaneellekin olisi teekkarivuosina tullut mieleen supertietokoneiden ja oppivien algoritmien sijaan ennemmin rikossarjojen kuvastosta tutut kelmeässä valossa uurastavat luusahat. Laskennallista patologiaa koskevaa väitöskirjatutkimusta tehdessä mielikuva on muuttunut rajusti – patologia jos mikä on ”isoa dataa” tuottava digitaalinen ala.
Digitointi tuottaa suuria kuva-aineistoja
Kudosnäytteiden patologinen analyysi on välttämätöntä monien sairauksien, kuten syöpien, diagnosoinnille. Kuten aiemmassa blogitekstissäni kirjoitin (https://tekniikanedistamissaatio.fi/tekoaly-auttaa-patologia/), perinteisesti patologiset näytteet on analysoinut alaan erikoistunut lääkäri mikroskoopin avulla. Patologin silmämääräisen arvion perusteella muodostetaan potilaan diagnoosi ja päätetään edelleen tarvittavasta hoidosta. Skannaamalla mikroskooppilasit korkean resoluution digitaalisiksi kuviksi niitä voidaan perinteisistä työtavoista poiketen käsitellä laskennallisesti. Viime vuosina yleistyneet digitaalipatologiset skannerit tuottavat valtavia määriä kuvadataa: esimerkiksi omassa tutkimuksessani käytetty aineisto koostui noin 13 terapikselistä, mikä vastaa karkeasti pitkälti yli miljoonaa tavanomaisella kameralla otettua valokuvaa. Erilaisia sairauksia edustavien solumuutosten väsymätön havaitseminen ja luokittelu suurista datamassoista on juuri sellainen tehtävä, johon tekoäly soveltuu hyvin.
Asiantuntijan tasoista tarkkuutta
Usean viime vuoden ajan tutkimusryhmämme on yhteistyössä ruotsalaisten tutkijoiden kanssa kehittänyt tekoälyjärjestelmää eturauhasyövän diagnostiikkaan. Tutkimus, joka muodostaa myös keskeisen osan omaa väitöskirjaani, julkaistiin tämän vuoden alussa The Lancet Oncology -tiedelehdessä (https://www.tuni.fi/fi/ajankohtaista/tekoaly-tunnistaa-eturauhassyovan). Tutkimuksessa, jonka tuloksia voi tarkastella interaktiivisesti osoitteessa https://tissuumaps.research.it.uu.se/sthlm3/index.html, osoitimme ensimmäistä kertaa, että tekoälypohjainen algoritmi kykynee diagnosoimaan eturauhasyöpää koepaloista yhtä hyvin kuin kokenut patologi. Vastaavia menetelmiä voidaan soveltaa muihinkin tauteihin ja muut tutkimusryhmät ovatkin saavuttaneet hyviä tuloksia esimerkiksi iho- ja rintasyöpien tapauksessa.
Suurteholaskenta avainroolissa
Entä miten supertietokoneet liittyvät asiaan? Nykyiset niin sanottuun syväoppimiseen perustuvat tekoälymenetelmät vaativat huomattavaa laskentakapasiteettia. Esimerkiksi eturauhassyöpätekoälyn kouluttaminen tavallisella kuluttajatietokoneella olisi vienyt vuosikausia – Tampereen tieteellisen laskennan keskus TCSC:n ja Tieteen tietotekniikan keskus CSC:n suurteholaskennan laitteistoilla laskenta-aika on kuitenkin vain päiviä. Voisi sanoa, että laskentaintensiivisten alojen suomalaisten tutkijoiden keskuudessa ollaan tällä hetkellä eräänlaisen kultaisen aikakauden kynnyksellä. Upouusi Puhti-supertietokone on jo ehtinyt päästä kovaan käyttöön minunkin tutkimuksessani, mutta vielä suurempi puheenaihe on nyt LUMI – supertietokone, joka peittoaa kaikki maailman nykyiset suurteholaskennan järjestelmät. Kajaaniin ensi vuonna asennettava kone luo varmasti ennennäkemättömiä mahdollisuuksia myös laskennallisessa patologiassa (kts. haastattelu https://www.lumi-supercomputer.eu/lumi-provides-new-opportunities-for-artificial-intelligence-research/).
Ratkaiseeko tekoäly patologipulan?
Väestön ikääntyminen on aiheuttamassa patologiassa kaksinkertaisen ongelman – samaan aikaan kun esimerkiksi syöpätaudit yleistyvät ja diagnostiikan tarve kasvaa, nykyinen pula patologeista pahenee eläköitymisten myötä. Potilaskäytössä tekoälymenetelmät voivat toivon mukaan nopeuttaa patologien työskentelyä, toimia potilasturvallisuutta parantavana varmuusmekanismina ja mahdollistaa näiden kriittisten analyysien suorittamisen myös siellä, missä asiantuntijoita ei aina ole riittävästi saatavilla. Seuraavaksi aionkin keskittyä tulosten luotettavuuteen ja epävarmuuksiin liittyviin kysymyksiin, jotka on vielä ratkaistava, ennen kuin panostukset tekoälytutkimukseen voivat tuottaa konkreettista hyötyä syöpäpotilaille.
Kirjoittaja on diplomi-insinööri, joka työskentelee väitöskirjatutkijana Tampereen yliopiston Lääketieteen ja terveysteknologian tiedekunnassa, Biokuvainformatiikan tutkimusryhmässä. Ryhmää johtaa apulaisprofessori Pekka Ruusuvuori. Kirjoittaja sai Tekniikan edistämissäätiöltä apurahan vuonna 2019.
Uusimmat artikkelit
Edelläkävijäyritykset sisällyttävät ympäristönäkökulmia investointipäätöksiinsä
Edelläkävijäyritykset sisällyttävät ympäristönäkökulmia investointipäätöksiinsä 6.10.2022/Teksti: Natalia Saukkonen Muutos kohti kestävämpää yhteiskuntaa vaikuttaa välttämättömältä, kun tarkastellaan ympäristön huononevaa tilaa. Edelläkävijäyritykset voivat osaltaan edistää kestävyysmuutosta investoimalla ympäristöystävällisempiin teknologioihin. Tutkin väitöskirjassani yritysten investointipäätöksiä ja ympäristönäkökulmien sisällyttämistä niihin. Ilmastonmuutos ja kaupunkien huono ilmanlaatu ovat esimerkkejä ongelmista, joiden ratkaisemiseksi tarvitaan kestävyysmuutosta. Käytännössä muutos tarkoittaa esimerkiksi maaliikenteen infrastruktuurin, käyttövoimien ja ajokäytäntöjen…
Monimutkaisen projektin johtaminen vaatii systemaattista yhteen hiileen puhaltamista
Monimutkaisen projektin johtaminen vaatii systemaattista yhteen hiileen puhaltamista 22.9.2022/Teksti: Laura Saukko Lehdistössä olemme usein saaneet lukea esimerkiksi suurten infrastruktuuri- tai rakennusprojektien kustannusten karkaamisesta ja muista epäkohdista projektien toteutuksissa. Tiedetään, että projektin toimijoiden välisen yhteistoiminnan avulla saavutetaan huomattavasti aiempaa parempia lopputuloksia. Käytännön askelmerkeissä siihen, kuinka sujuvaan yhteistoimintaan päästään, on kuitenkin vielä selvitettävää. Väitöstutkimuksessani pureuduin niihin konkreettisiin…
Stacked Cell Culture Platform: A Step Closer to Biologically Relevant in vitro Studies
Stacked Cell Culture Platform: A Step Closer to Biologically Relevant in vitro Studies 6.9.2022/Text: Diosangeles Soto Veliz Traditional cell culture platforms consist mostly of flat plastic surfaces. However, the real cellular environment is far from uniform. Cells grow naturally on various kind of surfaces: smooth, fibrous, soft, hard, porous, and all kinds of variations found…