Tekoäly auttaa patologia

24.9.2019/Text: Kimmo Kartasalo

Blogi_Kartasalo_Kimmo_TES2018

Onko koneellisesti suoritettu syöpädiagnoosi osoitus muovikuorien sisällä surisevasta älystä? Tämä kysymys on muodostunut kahvipöydän kestosuosikiksi kehittäessämme koneoppimismenetelmää eturauhassyövän diagnosoimiseksi digitalisoiduista koepaloista. Niin sanottuihin syviin neuroverkkoihin pohjautuvat koneoppimisen menetelmät ovat viime vuosina näyttäneet kyntensä niin autoilussa kuin lautapeleissä – ja valloitettavia ongelmia ammennetaankin väitöskirjatyöni tapaan yhä enemmän myös lääketieteestä.

 

Mikroskooppilaseista biteiksi

Koneoppimisessa tutkittavasta ilmiöstä kerätään esimerkkidataa, jonka avulla muodostetaan ilmiötä kuvaava laskennallinen malli. Neuroverkkojen ero perinteiseen koneoppimiseen kiteytyy siihen, että neuroverkkomallit ”oppivat” itse, ilman ihmissuunnittelijan ennalta määräämiä sääntöjä, mikä datassa on huomionarvoista. Oma tutkimukseni keskittyy neuroverkkojen hyödyntämiseen alati yleistyvässä digitaalisessa patologiassa. Tavanomaisen mikroskoopilla tarkastelun sijaan digitaalisessa patologiassa kudosnäytteet skannataan erittäin korkearesoluutioisiksi kuviksi. Skannattuja näytteitä, esimerkiksi koepaloja epäillystä syövästä, voidaan tutkia, säilyttää ja analysoida digitaalisesti. Osana terveydenhuollon laajempaa digitalisaatiota tämä kehitys tarjoaa hedelmällisen kasvualustan uusille koneoppimisratkaisuille.

 

Pohjoismaista yhteistyötä ja numeronmurskausta

Osana väitöskirjatyötäni olen päässyt mukaan eturauhassyövän diagnostiikkaa koskevaan Tampereen yliopiston, Uppsalan yliopiston ja Karoliinisen instituutin yhteisprojektiin. Eturauhassyövän yleisyyden ja patologipulan vuoksi koepalojen arviointi on kasvava rasite laboratorioille, joten prosessin tehostamiselle on suuri tarve ympäri maailman. Tutkimuksen pohjana on mittava ruotsalainen aineisto, joka kattaa kymmeniä tuhansia eturauhasen koepaloja. Kehittämälläni algoritmilla kuvat ja niiden sisältämät patologin tekemät merkinnät saadaan käsiteltyä neuroverkkolaskennan kannalta käyttökelpoiseen muotoon. Tätä seuraava opetusprosessi edellyttää suurteholaskentaa grafiikkaprosessoreilla. Suomessa on onneksi sisäistetty järeän laskentakapasiteetin merkitys tutkimukselle – hatunnosto CSC:lle sekä Tampereen tieteellisen laskennan keskukselle. Opetuksen tuloksena saadaan neuroverkkomalli, joka jäljittelee huippupatologin toimintaa ja kykenee arvioimaan, sisältääkö koepala eturauhasyöpää. Leijonanosa projektimme kehitystyöstä tehtiin Uppsalaan vuonna 2018 suuntautuneen tutkijavaihtojaksoni aikana. Tiivis yhteistyö ruotsalaisten kanssa on toiminut kaikin puolin mallikkaasti ja sivutuotteena kouluruotsinikin on hitusen vertynyt.

 

Tekolääkäriä saadaan vielä odottaa

Palatakseni alun kysymykseen: onko onnistunut syöpädiagnoosi osoitus älystä? Ehkä ei, mutta huolellisesta tutkimus- ja insinöörityöstä kylläkin. Oli sitten mitä mieltä hyvänsä tekoälyn terminologiasta tai filosofisista ulottuvuuksista, nykyaikaisen koneoppimisen voittokulkua ei käy kieltäminen. Työn alla olevan tutkimuksemme myötä eturauhassyövän diagnosointi voidaan toivottavasti pian lisätä menestyksekkäiden neuroverkkosovellusten ketjuun. Neuroverkkokaan ei kuitenkaan ole kaikki perinteisen koneoppimisen ongelmat ohittava ”hopealuoti”, ja lääkärinpapereiden luovuttaminen itsenäisesti diagnooseja suorittavalle koneälylle kuulostaa vielä tällä hetkellä utopialta (tai ainakin potilasturvallisuuden kannalta vastuuttomalta). Tilannetta voi verrata tie- tai lentoliikenteeseen: vakionopeudensäädin tai autopilotti voi olla verraton apu, mutta kapteenillekin on yhä paikkansa. Tekoälyn hyödyntäminen tähän tapaan kustannustehokkuutta ja turvallisuutta lisäävänä patologin apurina voi olla todellisuutta piankin. Tämän saavuttaminen edellyttää vielä jatkotutkimuksia koskien tekoälyn toimivuutta arkipäivän terveydenhuollossa  – ja ennen kaikkea lisää perinpohjaista insinöörityötä.


Kirjoittaja Kimmo Kartasalo työskentelee väitöskirjatutkijana Tampereen yliopiston Lääketieteen ja terveysteknologian tiedekunnassa, Biokuvainformatiikan tutkimusryhmässä. Hän sai Tekniikan edistämissäätiöltä apurahaa vuonna 2018.

Uusimmat artikkelit

Suorituskykymittarien kehitys kondensaattorieristeiden tuotekehitykseen

Kirjoittajalta Tekniikan edistämissäätiö / 9.10.2019

Suorituskykymittarien kehitys kondensaattorieristeiden tuotekehitykseen 9.10.2019/Text: Mikael Ritamäki Kevyempää tehoelektroniikkaa paremmilla muoveilla Muovikondensaattoreita käytetään esimerkiksi tehoelektroniikassa, jota käytetään uusiutuvan sähköenergian siirtoon vaikkapa merituulivoimapuistoista kulutuskeskuksiin. Nykyisellä tekniikalla toteutetut muovikondensaattorit ovat luotettavia mutta varsin isoja ja painavia: parempia sähköeristemateriaaleja kehitetään, jotta kondensaattoreita käyttävistä laitteista saataisiin pienempiä ja kevyempiä. Varsinkin sähköverkkosovelluksissa muovikondensaattoreita vaaditaan pitkää, kymmenien vuosien käyttöikää, joten uusia … Jatka artikkeliin Suorituskykymittarien kehitys kondensaattorieristeiden tuotekehitykseen

Bio-based thin-film structures to tackle the growing menace of plastics

Kirjoittajalta Tekniikan edistämissäätiö / 30.9.2019

Bio-based thin-film structures to tackle the growing menace of plastics 30.9.2019 / text: Aayush Jaiswal The world is turning into a global village and consequently, food products from around the world are becoming ubiquitous in the store where you buy your grocery every week. Have you ever wondered what keeps these products fresh and delicious? … Jatka artikkeliin Bio-based thin-film structures to tackle the growing menace of plastics

Tekoäly auttaa patologia

Kirjoittajalta Tekniikan edistämissäätiö / 24.9.2019

Tekoäly auttaa patologia 24.9.2019/Text: Kimmo Kartasalo Onko koneellisesti suoritettu syöpädiagnoosi osoitus muovikuorien sisällä surisevasta älystä? Tämä kysymys on muodostunut kahvipöydän kestosuosikiksi kehittäessämme koneoppimismenetelmää eturauhassyövän diagnosoimiseksi digitalisoiduista koepaloista. Niin sanottuihin syviin neuroverkkoihin pohjautuvat koneoppimisen menetelmät ovat viime vuosina näyttäneet kyntensä niin autoilussa kuin lautapeleissä – ja valloitettavia ongelmia ammennetaankin väitöskirjatyöni tapaan yhä enemmän myös lääketieteestä.   … Jatka artikkeliin Tekoäly auttaa patologia